Η ίδρυση χριστιανικής Εκκλησίας στον ελλαδικό χώρο ανάγεται στην πρώτη ιεραποστολική περιοδεία του Αποστόλου Παύλου στα 49 μ.Χ. Ο ίδιος μετά από όραμα που φέρεται να του παρουσιάστηκε στην Τρωάδα πέρασε στην Ελλάδα και ίδρυσε εκκλησίες στους Φιλίππους, Θεσσαλονίκη, Βέροια, Αθήνα, Κόρινθο και Νικόπολη. Στην Εκκλησία της Θεσσαλονίκης μάλιστα απέστειλε και τις δύο πρώτες του επιστολές, που είναι τα παλαιότερα κείμενα του Κανόνα της Καινής Διαθήκης.
Σημαντικό γεγονός των πρώτων χριστιανικών χρόνων είναι η επίσκεψη στην Αθήνα του μεγάλου Εκκλησιαστικού Πατέρα και Θεολόγου Ωριγένη. Ο Ωριγένης άφησε δυνατές εντυπώσεις στην Αθήνα και βοήθησε στην επίλυση των εσωτερικών ζητημάτων της τοπικής Εκκλησίας.