Οι διωγμοί εναντίον των Χριστιανών ανέκοψαν την πρόοδο του Χριστιανισμού στην Ελλάδα. Υπήρξε μεγάλο πλήθος Χριστιανών μαρτύρων σε όλη την επικράτεια, με ιδιαίτερα εξέχουσες προσωπικότητες, όπως ο Διονύσιος ο Αρεοπαγίτης, πρώτος επίσκοπος Αθηνών, ο Θεσσαλονικεύς μεγαλομάρτυς Δημήτριος, ο Λεωνίδας, επίσκοπος Αθηνών και πολλοί άλλοι. Στους διωγμούς έθεσε οριστικά τέρμα ο Μέγας Κωνσταντίνος με το Διάταγμα των Μεδιολάνων.
Από τον 4ο αιώνα η επικράτεια του Ανατολικού Ιλλυρικού εξαρτάται κανονικά από την Εκκλησία της Ρώμης, αν και πολιτικά υπάγεται στο ανατολικό τμήμα της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Την περίοδο της Εικονομαχίας, λόγω της αντίθεσης της Ρώμης προς την εικονομαχική πολιτική του Αυτοκράτορα Λέοντα Ισαύρου, ο ίδιος υπάγει το Ανατολικό Ιλλυρικό στην Εκκλησία της Κωνσταντινούπολης. Η διοικητική υπαγωγή στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως θα κρατήσει 1100 χρόνια, όλη την βυζαντινή περίοδο και τα χρόνια της οθωμανικής κατοχής.
Κεντρικό ρόλο σε όλες τις περιόδους του Χριστιανισμού στην Ελλάδα κατέχει η Εκκλησία της Θεσσαλονίκης.