Μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους στην Ελλάδα διαμορφώθηκαν δύο εκκλησιαστικές διοικήσεις. Μία της Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος και μία των Επαρχιών του Οικουμενικού Θρόνου στις νεοαπελευθερωθείσες περιοχές με κύριο μοχλό διοίκησης τη Σύνοδο Ιεραρχών υπό τον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Γεννάδιο Αλεξιάδη.
Το πρόβλημα διευθετήθηκε με την έκδοση, στα 1927, νόμου της ελληνικής πολιτείας, καθώς και δύο Πράξεων από το Οικουμενικό Πατριαρχείο και την Εκκλησία της Ελλάδος το 1928, με τις οποίες παραχωρήθηκαν «επιτροπικώς» οι Μητροπόλεις των λεγομένων Νέων Χωρών στην Εκκλησία της Ελλάδος, πνευματικά όμως παρέμειναν υπό τη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Θρόνου. Οι Μητροπολίτες των Νέων Χωρών θα μνημόνευαν τον Πατριάρχη ως προκαθήμενο της Εκκλησίας κατά τη θεία λειτουργία και, ενώ θα εκλέγονταν από την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας της Ελλάδος, ο Πατριάρχης θα είχε λόγο στην εκλογή τους, διατηρώντας το δικαίωμα να διαγράφει υποψηφίους από το σχετικό κατάλογο. Το καθεστώς αυτό προκάλεσε κατ' επανάληψιν προστριβές μεταξύ των δύο εκκλησιών, κατά τις οποίες το Πατριαρχείο κατηγορούσε την Εκκλησία της Ελλάδος για αθέτηση των υποχρεώσεών της και αγνωμοσύνη προς τη «Μητέρα Εκκλησία», ενώ η Εκκλησία της Ελλάδος κατηγορούσε τον Οικουμενικό Θρόνο για ανάμιξη στα εσωτερικά της και προσπάθεια επιβολής εμπίστων του στις Μητροπόλεις.
Η μεγαλύτερη ως τώρα κρίση ξέσπασε την άνοιξη του 2004, με αφορμή την εκλογή των νέων Μητροπολιτών Θεσσαλονίκης, Σερβίων & Κοζάνης και Ελευθερουπόλεως. Κατά τη διαδικασία της εκλογής, ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος, ακολουθώντας τη διαμορφωθείσα από τους προκατόχους του τακτική, δεν απέστειλε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο τον κατάλογο των εκλογίμων, όπως προβλεπόταν από την Πατριαρχική Πράξη του 1928. Το Πατριαρχείο συγκάλεσε Μείζονα, Ενδημούσα Σύνοδο, η οποία αποφάσισε τη διακοπή της κοινωνίας των Αρχιερέων του Οικουμενικού Θρόνου με τον Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο. Τελικά, μετά από αμοιβαίες υποχωρήσεις, οι νεοεκλεγέντες Μητροπολίτες αναγνωρίστηκαν και νέα Μείζων, Ενδημούσα Σύνοδος ήρε την ακοινωνησία με τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και αποκατέστησε τη μνημόνευση του ονόματός του στα δίπτυχα της Εκκλησίας της Κωνσταντινουπόλεως.